Años más tarde, en 1541 Gonzalo Pizarro realizó una nueva exploración que terminó con el descubrimiento del río Amazonas. Cada exploración española que llegaba tenía que enfrentarse a las diversas tribus existentes, aquellas tribus contaban con muchos guerreros conocidos por su valentía y rebeldía, y por eso los españoles regresaban por rutas diferentes para no volver a encontrarse con sus temidas lanzas. A consecuencia de esto, en 1558, Don Sancho Hacho de Velasco, cacique de los indios tacungas, solicita al cacique de la Tuna Runa, cuñado suyo, que vaya a conversar con el Capitán Gil Ramírez Dávalos, en la Tacunga (actual Latacunga). A consecuencia de esto, el 6 de marzo de 1559 el Capitán Gil Ramírez Dávalos ingresa a la tierra del Dorado en compañía de 39 hombres y el 14 de mayo fundan la Muy Noble y Muy Leal Ciudad de Baeza del Espíritu Santo de la Nueva Andalucía y la primera gobernación en el sector quijos.

Aunque no existen pruebas, con respecto a la veracidad, se dice que la ciudad de Tena fue fundada el 15 de noviembre de 1560, por el Capitán Gil Ramírez Dávalos, durante su expedición en el territorio de los quijos. En 1563 los españoles inician un nuevo proceso de expansión, pero antes pidieron permiso a Jumandy, cacique de los pueblos de la resistencia amazónica, para avanzar al sur. Esta exploración comienza el 10 de marzo con la fundación de Ávila por Andrés Contero, a orillas del río Suno, seguida el 14 de agosto por la fundación de Alcalá del Río Dorado, en la cabecera del río Aguarico por Contero. Fue entonces cuando empezaron a esclavizar a las tribus amazónicas existentes, les resultaba muy difícil someterlos, por su rebeldía y valentía. Cuando empezó la esclavitud, empezó también el maltrato, el abuso y el exceso de trabajo por lo que las tribus amazónicas hacían continuos reclamos que no fueron oídos hasta muchos años después, y por eso el Oidor Diego de Ortegón visita la región del Dorado el 6 de septiembre de 1576 y recorrió la zona imponiendo sanciones y multas. En el mismo año es nombrado Gobernador de Quijos Don Agustín de Ahumada.